Отделение Анатомической патологии включает подотделения гистологии, цитопатологии, иммуноцитохимии и молекулярной патологии.  Хирургическая патология имеет в основном онкологический характер (неоплазия легких, желудочно-кишечного тракта, груди и мочевыводящих путей).  Особое внимании в деятельности данного отделения посвящается изучению и анализу воспалительных, предраковых и неопластических заболеваний печени,  лимфопролиферативных и онкологических заболеваний, а также заболеваний легких и предстательной железы. Результаты био диагностики возможно получить в течение 28-48 часов, а так называемой «хирургической патологии» - в течение 48-72 часов. Основные исследования команды специалистов отделения Анатомической Патологии Клинического Института Humanitas проводятся в области ЖКТ, дыхательной системы, мочеполового тракта, с особым акцентом на индикаторы молекулярной диагностики.